戊戌变法失败后，蔡元培觉得改革政治，清廷已无可与谋，遂断然请长假南下从事教育，与政变后革职离京的张元济共事于南洋公学。清末废科举兴学校后，各地纷纷创办公私学校，但缺乏合适的课本，成为教学活动中的障碍。1901年，张元济决定用出版辅助现代教育之普及，因而投资于商务印书馆，次年初进商务印书馆主持编译工作。他策划的出版项目之一就是编辑中小学教科书。因此，蔡元培先生制订了国文、历史、地理三种教科书的编辑体例和要求。这套课本中的修身教材、初小十册和中学五册由张元济编写，高小四册由高梦旦编写。这套最新教科书融中西文化知识于一体，编纂者字斟句酌，苦心编修，开创了我国学校用书的新纪元。蔡元培认为新式教科书的编撰“其创始者实为商务印书馆”。

　　在初等教育有所发展的基础上发展高等教育应是题中应有之义，但在20世纪30年代，我国大学教育却发展迟缓，其主要原因之一，就是缺乏本国编写的大学教材。因此，30年代初，蔡元培号召开展“国化教科书”运动，大力提倡大学里使用中国学者自己编写的课本。为此，蔡元培于1931年4月在《申报》上发表《国化教科书问题》一文，指出:

　　现在我国学校，自高中以上，率多采用外国文本子，尤其是自然科学，如数理化动植矿等科，多用原文教学。这固然是我们文化落伍的国家，想得到现代的知识所用的苦法子。但吾人终须认为这是不得已的过渡方法。倘若将这种不良状况长时间的展延下去，则吾国学子所受的损失，将不可言喻，实为一件可恼痛的事。

　　嗣后，蔡元培在文章中将利用外国文教本的不利之处归纳为“糜费时间与脑力”“与国情不适合”“足为普及教育的障碍”三点，并认为:“‘国化教科书’的责任，当然不是少数人或少数文化机关所能够担负的，凡努力文化事业的，如教育家、著作家和出版家均应分担一些责任。”并号召:“尚望国内教育家和出版界，一致向着这个目标进行，则中国青年幸甚，中国文化幸甚!”

　　在蔡元培的大力倡导下，1932年，商务印书馆决定编辑出版一套《大学丛书》，以供国内大学教学使用。商务印书馆请蔡元培担纲，邀集国内各大学及学术机关代表共56人组成《大学丛书》编辑委员会，制订出版计划，分请专家编辑各院各系用书，而且每部书稿都必须经编委会有关专家审定，从而保证了出版的教材具有较高的学术水准。蔡元培则经常询问《大学丛书》的编辑进展情况，还同其他成员一样参加书稿审读的具体工作。据有关资料记载，兰弗得等著的《心理学》一书，蔡元培是逐字审读后才确定列入选题计划的。这套丛书先后出版了300余种，各学科的用书均粗具规模。在此前后，言行出版社、南京正中书局、中华书局、贵阳交通书局、大厦大学等单位都出过一些大学用书，虽然其规模均不及商务印书馆的《大学丛书》，但亦为促进我国大学教育和学术的独立作出了各自的贡献。

　　教育为立国之本。身为教育家的蔡元培除注重正规教育与各级各类学校正式教科书的编撰工作外，还对社会大众的知识普及教育给予重视和关心。